Wśród tematów, które podejmuje zespół naukowy Ogrodu Botanicznego UW są:

• biologia i ekologia kwitnienia, nektarowania i zapylania roślin,
• mutualistyczne relacje roślina – zwierzę
• oraz ewolucja systemów reprodukcyjnych roślin,
• a także badania grzybów w mrowiskach,
• grzyby endofityczne,
• grzyby episymbiotyczne,
• związki mrówek i grzybów.

Znakomita większość tematów badawczych dotyczy gatunków roślin ginących i zagrożonych w skali kraju – np. Polemonium caeruleum, Fritillaria meleagris, Europy – np. Ostericum palustre czy świata – np. Orchidaceae. Tą tematyką w naszym zespole zajmują się: Małgorzata Stpiczyńska, Marcin Zych, Katarzyna Roguz, Justyna Ryniewicz.

Część wątków badawczych dotyczy ochrony przyrody. Od 30 lat prowadzimy badania i monitoring populacji prawie 50 gatunków roślin w północno-wschodniej Polsce (Hanna Werblan-Jakubiec, Izabella Kirpluk), zajmujemy się także roślinami siedlisk antropogenicznych Puszczy Kampinoskiej (Izabella Kirpluk).