Ogród Botaniczny został założony w 1818 roku dzięki staraniom profesora botaniki Michała Szuberta. Położony na terenie dawnych Ogrodów Królewskich, w północnej części Łazienek, zajmował powierzchnię 22,5 ha i obejmował również szklarnie królewskie wraz ze Starą Pomarańczarnią.

 

Twórca Ogrodu podzielił jego powierzchnię na trzy części: naukową – poświęconą systematyce roślin, pomologiczną – gdzie utworzono kolekcję drzew owocowych, służącą edukacji przyszłych ogrodników, i spacerową – dla szerokiej publiczności. Dzięki ofiarności i pracowitości założyciela oraz jego współpracowników w krótkim czasie powstał Ogród Botaniczny, którego sława wykraczała poza granice kraju. W wydanym w 1824 roku spisie roślin uprawianych w Ogrodzie znajduje się około 10 tysięcy gatunków i odmian, w tym tysiąc reprezentujących florę polską.

 

Dalszy rozwój Ogrodu został zahamowany po stłumieniu powstania listopadowego. W 1834 roku zamknięto Uniwersytet i zmniejszono powierzchnię Ogrodu o ¾ (tak okrojona pozostała ona do dziś). W 1846 roku Michała Szuberta pozbawiono funkcji kierownika Ogrodu, a władzę przejął starszy ogrodnik Ignacy Hanusz. Był to początek upadku tej świetnie rozwijającej się placówki. Przez kilkadziesiąt lat kierownicze funkcje w Ogrodzie pełnili carscy urzędnicy. W tym czasie Ogród stał się miejscem, którym interesowała się nie tylko warszawska prasa, ale i policja.

 

W 1916 roku Ogród Botaniczny przeszedł pod zarząd odrodzonego Uniwersytetu Warszawskiego. Jego dyrektorem został prof. Zygmunt Wóycicki, który energicznie przystąpił do odbudowy placówki. Założono nowe działy: biologii roślin, ozdobny oraz różankę, rozpoczęto również remont szklarni. W 1919 roku kierownictwo Ogrodu objął prof. Bolesław Hryniewiecki, wybitny systematyk i geograf roślin. W tym czasie przebudowano i podłączono do centralnego ogrzewania wszystkie szklarnie, wzbogacono kolekcje drzew i krzewów. Ogród odzyskał dawną rangę naukową i dydaktyczną.

 

Na prężnie rozwijającą się instytucję spadł jednak ciężki cios – II wojna światowa. Podczas powstania warszawskiego legły w gruzach wszystkie budynki ogrodowe oraz szklarnie, teren parku stał się cmentarzyskiem dawnych bogatych kolekcji.

 

Po wojnie nie brakło jednak zapału i wiary w możliwość odbudowy Ogrodu. Profesor Bolesław Hryniewiecki, dr Roman Kobendza i dr Wacław Gajewski rozpoczęli długoletnią i wytrwałą pracę nad restauracją Ogrodu. W ciągu kilku lat odbudowano zburzone budynki i szklarnie, rozpoczęto odtwarzanie kolekcji. W 1960 roku kierownictwo Ogrodu objęła doc. Ludmiła Karpowiczowa, która z ogromnym zaangażowaniem zdobywała fundusze na utrzymanie Ogrodu, powiększała kolekcje, a także popularyzowała wiedzę botaniczną. Dzięki jej staraniom w 1965 roku Ogród Botaniczny Uniwersytetu Warszawskiego wpisany został do rejestru Zabytków Kultury i Nauki miasta stołecznego Warszawy. Po śmierci Ludmiły Karpowiczowej w 1973 roku przyszły lata zastoju. Po raz kolejny w historii, borykając się z brakiem funduszy, Ogród powoli tracił swoją rangę.

 

W 1987 roku kierownikiem Ogrodu została dr Hanna Werblan-Jakubiec. Dzięki niej przywrócono historyczny kształt działowi biologii roślin, przebudowano i wzbogacono kolekcje róż, pnączy, roślin leczniczych oraz użytkowych. Wyremontowano i rozbudowano szklarnie Ogrodu.

 

Od 2019 roku Dyrektorem Ogrodu jest Prof. Marcin Zych – biolog, badacz ewolucjonista, etnobotanik, od lat zajmujący się skomplikowanymi relacjami roślin z zapylaczami.